我國物流信息化的第一大瓶頸是中小物流企業(yè)的信息化程度很低。今年上半年的調查數(shù)據(jù)顯示，北京地區(qū)物流企業(yè)采用信息化系統(tǒng)進行管理的不到３０％，即使采用了計算機管理的，功能也非常簡單。主要問題是大多數(shù)系統(tǒng)的成本較高，而中小企業(yè)的起點很低；市場上缺少適合中小企業(yè)起步的信息系統(tǒng)，而多數(shù)開發(fā)商普遍認為，物流信息市場在低端不具備開發(fā)價值。物流是一個網(wǎng)絡，是資源整合，一個企業(yè)物流信息化程度再高，而相關的運輸、包裝、倉儲、分檢等與之合作的企業(yè)沒有信息化，彼此效率就會大打折。
    缺乏擁有自主知識產權的主流信息系統(tǒng)是我國物流信息化的第二大瓶頸。目前國內的研發(fā)能力無法和國際同行競爭，物流信息系統(tǒng)的標準較為混亂，不成體系，難以互聯(lián)互通，難以實現(xiàn)信息共享。網(wǎng)絡的設計與優(yōu)化也缺乏基礎理論的指導。
    第三大瓶頸是開發(fā)商難以盈利。物流軟件是管理軟件，需求的個性化和生產的批量化是難以統(tǒng)一的，因此造成開發(fā)成本極高。對開發(fā)商來講，不能批量生產，成本就高居不下。解決這個問題的關鍵是如何規(guī)范信息技術和開發(fā)的模式，加強咨詢服務，以滿足企業(yè)個性化需求。
    四是提供基礎信息和公共服務的平臺發(fā)展緩慢。ＧＰＳ（全球衛(wèi)星定位系統(tǒng)）、ＧＩＳ（地理信息系統(tǒng)）技術服務在大型企業(yè)的應用比例為２３％，在大型物流企業(yè)的應用僅為１２．５％，在中小企業(yè)基本是空白。基礎技術服務應用比例趨少，整個行業(yè)的整合就相對困難。
    五是物流信息化發(fā)展戰(zhàn)略暫屬空白。物流信息化在我國具有巨大挖掘潛力和長期的發(fā)展前景，作為一個系統(tǒng)工程，如何突破瓶頸，需要開發(fā)商和物流企業(yè)參與國家的物流科技發(fā)展規(guī)劃，協(xié)同作戰(zhàn)，避免出現(xiàn)無序低效的競爭，共同促進我國物流信息化的進程。