近年來，濟寧高新區圍繞推進“二次創業”，大力加強創新源頭、創新基地和創新環境“三大建設”，注重提升自主創新、產業聚集和支撐服務“三個能力”，區域自主創新體系初步形成。截止到目前，區內擁有省市級高新技術企業105家，2005年完成技工貿總收入727億元，同比增長39.8%；工業總產值436億元，同比增長43%；財政總收入達27.97億元，同比增長59.8%；合同利用外資7.4億美元，實際利用外資3.1億美元，高新技術產業產值占規模以上工業企業總產值的比重達39.2%。全區研發投入2005年達到4.8億元，占GDP的比重達3.2%。“十五”期間，高新技術產業呈現持續、高速、健康發展的良好態勢，已經成為全市經濟發展的重要增長點、對外開放的窗口和科技創新的引擎。今年上半年，濟寧高新技術產業開發區引進新項目153個，投資億元以上的在建項目45家、在建外資項目38家。
　　增強區域核心競爭力 
　　 針對濟寧市科研院所、高校數量少、研發力量相對分散的實際，濟寧高新區將科技創新源頭建設作為“立區之本”，充分發揮高新區作為創新平臺和科技高地的作用，外引內聯，整合資源，不斷增強區域核心競爭力。
　　為進一步促進企業自主創新的積極性，制定了《濟寧高新區關于設立科技創新基金的意見》，以無償資助、貼息貸款、獎勵成果等方式鼓勵企業進行技術創新和傳統產業的升級換代。管委會每年拿出6000多萬元作為科技基金，用來扶持重點科技項目和傳統產業升級換代項目，同時對在科技創新工作中做出突出貢獻的企業和個人進行重獎，調動了企業加大研發投入的積極性。留美博士崔向民創辦的濟寧惠康醫藥有限公司，主要進行抗癌新藥的研制，濟寧高新區給予1000萬元風險投資資金，促使該項目在濟寧順利研制生產；留美博士奚偉祖創辦的濟寧龍興通訊技術有限公司，主要進行復合式城域網光通訊裝置的研制，是奚博士在美國的研究成果，濟寧高新區拿出400萬元風險投資資金作為啟動資金，現在該項目已經先后獲得了五項國家專利、國家優秀發明專利一等獎等榮譽；金百特電子公司是擁有23項專利的科技型企業，負責人白中明先生被評為山東省優秀發明家提名獎、濟寧市十佳發明人，2006年還被選中成為全國108名候選人之一參加“贏在中國”創業項目大賽；留英博士胡春吉創辦的匯海新大電子有限公司，高新區給予了100萬的貼息貸款，同時濟寧高新區還給予了以上企業三年免400-1000平方米廠房房租的優惠。另外還有濟寧山大奧太電器有限公司是山東山大奧太在濟寧設立的科技研發基地，自落戶濟寧高新區后年產值、銷售收入連年翻番的速度迅速壯大，短短5年已經成為高新區企業的后起之秀。
　　搞活產、學、研聯合，國內知名院校如中國科學院、清華、復旦、天津科大、西安交大、上海交大、山大、山科大、山東理工大、山東輕工業學院等與區內企業如意、山推、菱花、機械設計院、魯抗辰欣、金工、世紀車輪、英克萊、雪花、華一輕工等企業共同建設產學研基地，到目前為止，區內擁有省級以上工程技術研究中心11家，國家級企業技術中心3家，70%以上的企業擁有自己的研發機構。2005年菱花集團氨基酸研發中心正式晉升為國家級企業技術中心。
　　此外，濟寧高新區積極實施招商引智戰略，引進國外高新技術項目、核心技術。相繼引進了小松全能油缸、小松叉車、美國伊頓液壓、中國重汽商用車、韓國世銀生物包裝材料、德國德固賽賴氨酸、韓國大象谷氨酸項目等一批“高、大、外”項目，為高新技術產業的可持續發展增添了新的后備軍。2005年，全區共引進項目511個，項目總投資達510億元。全區共有16家上市公司投資的27家企業落戶高新區，進一步提高了高新區的知名度和外向度。通過加強創新源頭建設，濟寧高新區原始創新能力進一步提升，“十五”期間，我區獲各級科技進步獎46個，其中省級以上20個；各級科技攻關計劃項目153項，其中國家科技攻關項目2項，省級29項；各級火炬計劃項目47項，其中國家級火炬計劃項目17項，省級30項。國家級創新基金2項，省級2項。
　　展特色主導產業
　　在抓創新源頭的同時，濟寧高新區大力發展特色主導產業，不斷加快創新基地建設，主要做了以下幾方面：
　　一是搞好三大特色產業平臺的建設，繼續發展壯大濟寧高新區已有的三大國家級特色產業基地，即以魯抗醫藥、勝利股份、菱花集團、雪花集團、凱賽生物、日本味之素等為骨干企業的國家級生物技術產業基地；以山推股份、小松山推、中國重汽商務車、英克萊集團、伊頓液壓、小松叉車、勝代機械等為骨干企業的國家級工程機械產業基地和以德源紗廠、如意集團、嘉達紡織、宏大櫻花、歐化家紡等為骨干企業的國家級紡織新材料基地。自2002年以來，經國家科技部批準，三大國家級特色產業基地陸續在高新區掛牌成立，為高新區高新技術產業提供了快速發展的產業平臺，有力地促進了當地高新技術產業的發展和技術水平的提高。同時依托特色產業基地及骨干企業，加強與跨國公司的合作，做好引進消化吸收再創新，嫁接改造提升傳統產業，進一步提升了傳統產業的技術和裝備水平，企業自主創新能力得到加強，在市場競爭中重新煥發了生機和活力。現已有15家世界500強企業與區內企業進行合資、技術合作，并在區內設立了各自的研發中心和生產基地。僅日本小松一家公司就在區內設立了小松山推、小松全能、小松叉車、山推彩橋、山推結構件、山推鑄鋼等六家高新技術企業，極大的帶動了工程機械產業的發展。生物醫藥領域，以菱花集團為依托，菱華誠志、菊生味精、正大菱花等公司先后投產運營，以魯抗為依托，魯抗辰欣、動物藥業、明治魯抗也先后實現達到規模化生產，分別成立了自己的技術中心，成為生物醫藥領域科技創新的先鋒。
　　二是加強創新平臺的公共體系建設，特別是高新區現有的國家級創業中心、留學生創業園、大學科技園三級孵化機制，完善高新區的國家級博士后科研工作站、省級軟件園、留學生創業園及各類科技園區，堅持高新區的“扶上馬，送一程”的原則，不斷壯大高新技術產業。2005年，高新區創新基地總孵化面積達30萬平方米，國家級創業中心在孵企業達到211家，其中，博士等高層次人才領辦、創辦的企業47家，擁有專利技術70余項，年實現營業收入8.7億元。高新區創新基地先后培養了英特力光通信、通聯、長城光纖、龍興通訊、惠康醫藥等一批小巨人企業，孵化的光纖光纜、光通訊設備、藍光二極管、真空測量儀等高新技術產品填補了國內空白，已畢業企業如魯抗辰欣、通聯電器、華能生科等企業已先后成長為已成為我區技術創新的領頭雁，經濟發展的新生力軍，為高新區的高新技術產業發展提供了不竭動力和保障。
　　三是大力實施引智、引才的人才工程，搞好創新環境。濟寧高新區堅持環境與經濟和諧發展，堅持“綠、亮、清”工程，堅持引進“四高一低” （科技含量高、附加值高、市場占有率高、投資強度高、環境污染低）的項目，走注重環境保護、產業功能和城市功能并重的務實路子。同時給予創業的博士實行購房補貼、生活補貼，并根據項目情況給予一定金額的創業資助，給高技術人才以良好的創業環境。目前，已經有19位留學歸國博士、碩士在高新區創業發展。